En 2021, el Presidente Duque lo designó como Secretario General de la Presidencia de la República de Colombia. En este cargo, Víctor lideró iniciativas críticas, como el plan de vacunación contra el Covid-19, la reactivación económica y la implementación de acuerdos de paz. También desempeñó un papel fundamental en la adopción de marcos éticos para la inteligencia artificial por parte del gobierno colombiano.
En 2018, durante la administración del Presidente Iván Duque, Víctor Muñoz hizo historia al convertirse en el primer Chief Information Officer (CIO) de Colombia. Su enfoque innovador transformó las prácticas de tecnología de la información en todas las agencias gubernamentales, introduciendo iniciativas revolucionarias en la Computación en la Nube, el Internet de las Cosas (IoT) y la Inteligencia Artificial (IA).